Après une mission périlleuse dans le Japon médiéval, Sakura, Léon et Logan ont prouvé leur valeur et sont devenus des apprentis samouraïs.
Mais les trois amis vont très vite être chargés d'une nouvelle quête : réunir les fragments du parchemin du Bushido pour empêcher la disparition de l'esprit des samouraïs.
Grâce à leurs anneaux magiques, les apprentis samouraïs sont alors projetés aux quatre coins du monde à la poursuite du précieux parchemin. Malheureusement, ils ne sont pas les seuls : la ninja Tomoe Kamara, animée par le désir de vengeance, est prête à tout pour faire échouer leurs plans. Et l'arrivée d'une nouvelle ennemie pourrait bien tout changer...
Sakura, Léon et Logan parviendront-ils à sauver l'esprit du Bushido ?

Sakura la kendoka, Léon le judoka et Logan le karateka sont invités par le célèbre Maître Saburo à un stage d'arts martiaux dans son dojo. Ils découvrent par hasard, dans une ancienne boîte de laque noire, un mystérieux origami en forme d'étoile, et trois anneaux magiques. Ces derniers ont appartenu à Hiro, Eiko et Ako du clan Minamoto, des guerriers samouraïs chargés de veiller sur un Trésor. En les enfilant, les trois enfants se retrouvent projetés au Japon au 16eme siècle. Ils comprennent vite qu'ils ont une mission : libérer l'esprit des trois samouraïs prisonniers de leurs armes... Mais, sur place, ils doivent affronter un terrible ninja noir prêt à tout pour voler le trésor antique des samouraïs.